En 1842, le pasteur Franz Haerter fonde la Maison des Diaconesses, un établissement qui permet à des jeunes filles de jouer un rôle actif auprès des vieillards, des malades et des jeunes. Le pasteur Haerter, guide spirituel de la famille, engage en 1866 Lucie Berger comme secrétaire du Comité du Diaconat.
En 1871 l’imprimerie Berger-Levrault est transférée à Nancy, mais Lucie demeure avec sa mère à Strasbourg. C’est dans ce contexte que la communauté des diaconesses, décide de créer en 1871 un « pensionnat pour jeunes filles de la classe moyenne ». La communauté installe l’école dans des locaux rachetés à l’institution catholique du Bon Pasteur, nom conservé jusqu’en 1919, et en confie la direction à Lucie Berger, alors âgée de 35 ans.
Les débuts sont modestes : le 16 octobre 1871 est ouverte une seule classe avec 16 élèves internes et 1 externe. Lucie Berger s’adjoint 2 diaconesses enseignantes et 1 diaconesse-économe.
L’école connaît une extension rapide dans les années 1880. Au bout de dix ans le Bon Pasteur possède son jardin d’enfants – le premier créé à Strasbourg -, 16 classes, dont 1 spéciale pour étrangères et 3 autres qui préparent le brevet supérieur, soit un total de 400 élèves. Jusqu’en 1914 si l’allemand domine à l’école, le français est la langue obligatoire à l’internat. C’est la première école privée qui prépare un diplôme d’école secondaire.
Lucie Berger a su y créer une atmosphère de ferveur religieuse qui se manifeste dans les cultes quotidiens et les fêtes. L’équipe pédagogique a le souci de préparer les élèves à prendre leur vie en main et à mettre en pratique les préceptes humains et sociaux, d’où une pédagogie ouverte sur les sciences et le monde moderne et le souci d’une maîtrise parfaite du français, dans un enseignement conduisant au diplôme secondaire. La qualité de l’enseignement attire même un certain nombre de familles de hauts fonctionnaires allemands.
À partir de 1882, Lucie Berger est activement secondée par un directeur-adjoint, l’allemand Nieden, fils de pasteur, un homme dynamique. En 1908 un nouvel internat, très confortable, est inauguré : les effectifs continuent de progresser pour atteindre 600 élèves en 1910. À ce moment on trouve au collège 9 enseignantes, 12 diaconesses, 1 cuisinière et 1 infirmière.
Le retour à la France en 1918 modifie profondément l’école qui connaît des problèmes d’adaptation au nouveau contexte. Le directeur Nieden, parce qu’allemand, doit quitter ses fonctions. Il est remplacé par une nouvelle directrice, Emilie Kuntz. Le collège change de nom : il s’appelle désormais Lucie Berger. Le changement de langue, de méthode, et l’arrivée de nouvelles enseignantes modifient le style du collège. En 1931 l’externat et l’internat sont réunis sous une seule direction ; en même temps est fondée une Association des Anciennes Élèves.
L’établissement compte alors 50 enseignants pour 530 externes et 80 internes. À la veille de la Deuxième Guerre mondiale le Collège Lucie Berger constituait un établissement actif, de bon niveau scolaire accordant une grande place à la formation morale et religieuse des élèves.
